Sam w sobie odbiornik GPS nie był by urządzeniem funkcjonalnym bez odpowiedniego oprogramowania.
Zdecydowana większość popularnych urządzeń z którymi możemy się na co dzień spotkać działa pod kontrolą systemów Windows Mobile. Większość użytkowników nawet nie zdaje sobie z tego sprawy. Aplikacje nawigacyjne nie pokazują popularnych okienek użytkownikowi. Gdy znamy odpowiednią procedurę możemy wtedy przejść do systemu. Mowa tu o najpopularniejszych urządzeniach do nawigacji firm takich jak np. TomTom czy Mio. Programy nawigacyjne działają oczywiście również na zwykłych palmptopach, mających łączność z modułem GPS. Coraz bardziej popularna jest również nawigacja w telefonach gdzie program nawigacyjny działa na oprogramowaniu zainstalowanym w telefonie np. na Symbianie.
Istnieje wiele rodzajów firm wytwarzających oprogramowanie nawigacyjne. Jeśli chodzi o Polskę najpopularniejszym producentem jest AutoMapa. Zyskała ona bardzo dużą popularność ze względu na najbardziej szczegółowe pokrycie siatki drogowej w kraju oraz ciągłe liczne aktualizacje.
Popularne są również mapy i odbiornik firmy Garmin, która oprócz najpopularniejszych map samochodowych dostarcza również inne mapy. Są to np. mapy przeznaczone do turystyki, które są mapami samochodowym ale z naniesionym dodatkowo szlakami turystycznymi oraz liniami określającymi wysokości. Garmin dostarcza również mapy do nawigacji morskiej.
Oprogramowanie stale się rozwija. Na początku urządzenia pokazywały jedynie pozycje, podawały czas oraz wysokość. Później wzorując się na mapach papierowych zaczęto wprowadzać dane które umożliwiały podanie pozycji na mapie i wyświetleniu tej informacji na ekranie urządzenia. Następnie dodano możliwość wyznaczania trasy do podanego na mapie punktu z miejsca gdzie się obecnie znajdujemy. Program obliczał trasę w zależności od parametrów jakie mu wprowadziliśmy. Brana była pod uwagę odległość, czas, jakość dróg. Obecnie dodatkową informacją braną pod uwagę są korki w urządzeniach obsługujących odpowiednią technologię oraz w państwach nadających specjalne sygnały.
Zmieniła się również postać wyświetlanej mapy wraz ze wzrostem wydajności urządzeń. Obecnie w nawigacjach samochodowych nie używa się już wyświetlania 2D tylko 3D. Wprowadza się także fotorealistyczne budynki 3D aby użytkownik mógł szybciej się zorientować gdzie jest lub gdzie ma skręcić.
Oprócz tych najpopularniejszych i najbardziej znanych programów istnieją również specjalistyczne oprogramowania służące do obsługi urządzeń GPS używanych w geodezji, na statkach morskich czy w lotnictwie, gdzie system zintegrowany jest z urządzeniami pokładowymi.
Do oprogramowania mającego związek z systemem GPS można zaliczyć również programy komputerowe które dzięki danym wejściowym otrzymanym z urządzenia GPS są w stanie monitorować ruch floty pojazdów i prezentować ich dane oraz położenie na ekranie monitora.
Podobnie jak w przypadku oprogramowania PC wymienienie wszystkich rodzajów i możliwości zastosowania oferowanego oprogramowania jest niemożliwe gdyż ciągle powstają nowe programy oraz pojawiają się nowe wersje programów już istniejących dedykowanych konkretnym grupą użytkowników.